1 августа 1952 года Строительный комитет во главе с председателем, епископом Таллинским и Эстонским Романом, утвердил «Смету на резные и позолотные работы по установке старинного уникального иконостаса в храме Ленинградской Духовной Академии». Средства на реставрацию, установку иконостаса и на внутренний ремонт всего храма Ленинградских Духовных школ (200 тысяч рублей), а также стропы цена прислал Святейший Патриарх Алексий I2. Высококвалифицированную реставрацию пельгорского иконостаса, как памятника архитектуры и живописи конца XVIII века, осуществила бригада специалистов реставрационных мастерских под руководством Михаила Николаевича Строганова.
Перенесенный из села Пельгора иконостас потребовал небольшого расширения. Его боковые части составили киоты с иконами святителя Николая Чудотворца и святителя Димитрия Ростовского (обе - в серебряных ризах), поступившие из Царского Села (г. Пушкин). М. Н. Строганов руководил также изготовлением двух киотов для икон Божией Матери, происходивших из Царскосельской Знаменской церкви, - «Знамение» (чудотворной) и равной ей по размерам Казанской. Прежний двухъярусный иконостас академического храма (кроме храмовой иконы святого апостола Иоанна Богослова и парной ей иконы святого князя Александра Невского) передали в Покровскую церковь Егерской слободы Гатчины (пос. Мариенбург), где он находится и в настоящее время. Пельгорский иконостас органично вписался в интерьер семинарского храма, в алтарной арке которого иконостас стал «трехмерным», получив дополнительный объем и перспективу. Его центральная часть выдвинута вперед, что не только увеличивает площадь алтаря, но и усиливает игру его позолоченной поверхности и резных орнаментов. Было отреставрировано и вызолоченное металлическое напрестольное облачение 1869 года из церкви села Пельгора, которое установили на престол академического храма, заново сделанного из дуба. Одежда на престол, выполненная в русском стиле, и сейчас служит украшением алтаря академической церкви.