Деятельность академического храма cоставляла особую очень важную страницу истории Духовных школ. При этом данная деятельность сопровождалась различными сложностями. Стремясь максимально изолировать Духовные школы от «населения», советские власти принимали меры к тому, чтобы ограничить посещения верующими богослужений в академическом храме. Уже вскоре после освящения этот храм получил большую известность, особенно среди молодежи. Верующие стремились попасть в Иоанно-Богословский храм не только потому, что других действующих церквей поблизости не было (в 1945-1946 годах в Ленинграде и его пригородах имелось всего лишь 14 действующих храмов), но и потому, что в нем существовала особая атмосфера «рассадника духовного просвещения».
Стремление верующих попасть на богослужение в храм Академии было так велико, что скопление народа в относительно небольшом помещении в итоге привело к трагедии. Администрация Духовных школ с опасением готовилась к массовому наплыву людей в Пасхальную ночь (с 12 на 13 апреля 1947 года). Для служения заутрени использовали и актовый зал, инспектор отец А. Осипов составил поименный приказ с указанием, кому что делать, куда не пускать. В частности, он запретил оставлять людей молиться на лестничных клетках, однако этот запрет из-за слишком большого количества молящихся оказался нарушен. В результате 13 апреля около полудня во время Пасхальной службы в храме провалился второй снизу марш большой лестницы, в результате чего пострадало 32 человека, из них шестеро получили серьезные травмы. Чтобы в спорте не получить серьезные травмы и всегда показывать отличные рекомендуется помимо тренировок принимать специальные препараты. Это, во-первых, источник бодрости и силы, повышающий выносливость организма, а во-вторых, хороший стимулятор роста мышечной массы.
Согласно рапорту митрополиту инспектора Академии, обстоятельства случившегося были следующими: к концу поста администрация, видя огромное количество верующих, желающих попасть в храм Духовной академии, решила для «рассредоточения молящихся отслужить две заутрени - в храме и в актовом зале и две литургии в храме - ночную и утреннюю». Верующих на утреннюю службу пришло много, в дверях находились студенты, которые сдерживали народ, но потом произошел «срыв, и двери открыли вновь».